Почему не получается программно изменить элемент справочника?

Видимо, Вы пытаетесь изменять данные в базе данных через объект типа "СправочникСсылка". Объекты данного типа позволяют обращаться к реквизитам и табличным частям в режиме "только чтение". Чтобы изменить данные в базе данных, нужно получить специальный объект для записи — СправочникОбъект. Это возможно с помощью метода "ПолучитьОбъект()". Именно через объект типа "СправочникОбъект" (а также ДокументОбъект, ПланСчетовОбъект и аналогичных) возможно изменение данных в базе данных.

Подробнее о взаимосвязи объектов можно прочитать в разделе "Работа с прикладными объектами средствами встроенного языка".
См. также раздел "Типы значений, связанные с прикладными объектами".